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課程名稱 |
分子親緣關係學
Molecular Phylogenetics |
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開課學期 |
109-1 |
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授課對象 |
學程 海洋科學學程 |
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授課教師 |
陳韋仁 |
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課號 |
Ocean5059 |
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課程識別碼 |
241 U1990 |
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班次 |
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學分 |
3.0 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期四2,3,4(9:10~12:10) |
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上課地點 |
海研231 |
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備註 |
本課程中文授課,使用英文教科書。授課語言視學生需求而定。
總人數上限：20人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1091Ocean5059_ |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
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課程大綱
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課程概述 |
自從DNA結構在1953被發現後, 分子生物技術開始蓬勃發展並開啓了生命科學研究的新紀元, 這包括了紀錄著“生命密碼”的各個物種之基因（體) 的被剖析. 然而, 確立基因彼此間的親緣關係, 乃是關鍵的第一步. 本課程將以此為主軸, 引導學生了解此學門對理解生物多樣性和演化生物學研究的重要性與意義。 |
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課程目標 |
學生藉由授課, 實作(包含資料之收集, 編集與分析), 課堂討論和成果報告
1. 獲得此學門的基本知識與相關應用
2. 學習如何建立分子親緣關係樹
3. 獲得設計與執行相關研究計畫的能力 |
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課程要求 |
修課學生必須有遺傳學的基礎; 最好能自備 Mac (Apple) 電腦 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
另約時間 |
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指定閱讀 |
待補 |
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參考書目 |
1.Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach
by Roderick D.M. Page, Edward C. Holmes
ISBN: 978-0-86542-889-8
http://as.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0865428891.html
2.Inferring phylogenies
By Joseph Felsenstein
http://www.sinauer.com/detail.php?id=1775
3. Phylogenetic trees made easy : a how-to manual / Barry G. Hall
By Barry G. Hall
http://www.sinauer.com/hall/3e/ |
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
學生學習態度 |
50% |
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2. |
期中考筆試成積 |
20% |
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3. |
期末報告內容 |
30% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
09/17 |
課程簡介及學門概論 |
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第2週 |
09/24 |
親緣關係樹之剖析 |
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第3週 |
10/01 |
中秋節 放假 |
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第4週 |
10/08 |
從基因看生物多樣性 |
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第5週 |
10/15 |
從基因看生物多樣性 (continued)
分子演化的模式之剖析/遺傳變異之計量 |
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第6週 |
10/22 |
New ORI 測試航次; 自主學習/分生實驗 |
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第7週 |
10/29 |
親緣關係樹之推衍 (ㄧ)：方法學概論 |
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第8週 |
11/5 |
親緣關係樹之推衍 (二)：方法學概論 |
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第9週 |
11/12 |
期中考 |
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第10週 |
11/19 |
遺傳資料之收集/親緣關係分析工具簡介 (editing and aligning the sequences) |
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第11週 |
11/26 |
遺傳資料之收集/親緣關係分析工具簡介
PAUP, RAxML, CIPRES portal |
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第12週 |
12/03 |
親緣關係樹之推衍 (三) (Bayesian inference of phylogeny) and 分析實作-1 (MrBayes) |
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第13週 |
12/10 |
分析實作-2 (MrBayes and BEAST) (李欣/林洪君) |
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第14週 |
12/17 |
分子親緣關係學的應用 (ㄧ): 物種史的推定與系統分類的應用 |
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第15週 |
12/24 |
分子親緣關係學的應用 (二)
專題演講 |
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第16週 |
12/31 |
專題演講; species delimitation (李欣)
綜合討論 |
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第17週 |
01/07 |
期末報告 |
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